患者牙龈上长有肉疙瘩的，考虑有可能是以下几方面的原因。

第一， 考虑有可能是牙龈瘤，这种情况需要进行手术，单纯的服用药物，治疗效果并不明显。

第二，考虑有可能是牙龈脓肿，当患者口腔中存在牙龈炎、牙周炎、智齿冠周炎、根尖周炎等一些疾病，并且迁延不愈时，很容易导致牙龈发生脓肿。

第三，患者如果患有根尖周炎，处于急性期时，也可能会在跟端出现牙龈上的小肉疙瘩，这种情况需要进行开髓，然后疏通管引流，才可以彻底治愈。