多囊肾引起的疼痛分为急性和慢性两种，急性疼痛病因有囊肿出血感染或结石，慢性疼痛病因多为肾脏体积增大，刺激薄膜所致。急性疼痛首先针对病因进行治疗，慢性疼痛一般采取非手术治疗。 一些患者疼痛为一过性，可以先观察，疼痛持续或较重时，首选非阿片类镇痛药，避免长期使用镇痛药和非类固醇类抗炎药，以防肾损害。如果疼痛严重，镇痛药不能缓解且影响患者生活，可考虑囊肿穿刺硬化治疗， 囊肿去顶减压术，甚至肾脏切除术。