腘窝囊肿可以采取以下方法进行治疗。

第一，可以采取腘窝囊肿部的穿刺法进行治疗，在局部穿刺后，在腘窝囊肿囊壁内注射类固醇激素药物，减少其复发的几率，同时进行适当的加压包扎固定。

第二，可以采取关节镜下的微创手术治疗腘窝囊肿，其一般清理相对来说比较彻底，腘窝囊肿复发的几率不大。

第三，还可以采取开放性的腘窝囊肿切除手术进行治疗，一般需要彻底的清理腘窝囊肿以及其囊壁减少其复发的几率。

腘窝囊肿许多较小的不产生任何症状的往往并不需要特殊的治疗。