流感疫苗和肺炎疫苗不能一起打，因为这样容易混淆，而且发生不良反应之后，也不容易分辨。

流感疫苗是预防流感的一种疫苗，属于生物制品。而肺炎疫苗主要是针对肺炎链球菌来进行预防的疫苗，也属于生物制品，所以两者都有可能会出现一定的不良反应，包括发热、咳嗽，或者全身皮疹等。

如果两种疫苗一起打的话，发生不良反应就无法分辨具体是由哪一种疫苗所引起的，所以很容易干扰临床判断，也不利于观察疫苗的安全性和有效性，因此任何一种疫苗都不能够与其他疫苗一起打。