感冒时打了流感疫苗是有影响的，在感冒时打流感疫苗是有可能增加疫苗的不良反应发生率，以及诱发疫苗不良反应的程度加重等现象。例如部分感冒患者因接种流感疫苗诱发其更容易的出现发烧、全身酸痛乏力、食欲减退等现象，部分感冒患者因此时接种流感疫苗而有不良反应形成，有可能使感冒病情加重、形成细菌性的感冒或者继发下呼吸道感染形成，而有急性支气管炎，甚至肺炎等现象。

此外，感冒时特别是重感冒时患者的自身免疫系统也会受到一定的影响，此时接种流感疫苗有可能会影响疫苗发挥其免疫防御的功效。故在感冒期间是不建议接种流感疫苗，待其感冒症状好转痊愈一周后，再视情况接种流感疫苗。