慢性萎缩性胃炎伴肠化的治疗主要包括以下几方面：

第一是一般治疗，首先饮食方面应该注意以清淡易消化饮食为主，避免吃辛辣、刺激、油炸、烧烤、生冷以及甜食等，要注意多运动，避免焦虑，抑郁等情绪。

第二是抗幽门螺旋杆菌的治疗，包括一个质子泵抑制剂加两种抗生素，再加一个铋剂，疗程为14天。另外是用促进胃动力以及保护胃黏膜的药物。

第四就是进行内镜下的治疗，包括内镜下的APC治疗或者内镜下的黏膜剥离术等。

第五、可以配合中医的辨证论治口服中药，也可以起到不错的效果。