乳腺导管扩张一般是由于乳房先天性畸形、乳头内陷、乳腺导管开口被分泌物滞留堵塞乳腺导管刺激，引起导管壁炎性细胞浸润和纤维组织增生，引起导管扩张，导管炎症的改变，发生抗原抗体反应，而呈现无菌性炎症改变；也有人认为导管扩张症与厌氧菌感染有关，细菌学检查发现，厌氧菌有助于本病的诊断。

乳腺导管扩张症既非感染也非炎症，也非肿瘤，而是乳晕区输乳管上皮细胞萎缩，分泌功能丧失的一种退行性变化。