引起尿道黏膜损伤最为常见的原因是尿道的炎症，尿道受到细菌、病毒、真菌、支原体、衣原体等致病微生物感染之后，会引起尿道粘膜充血、水肿、溃烂，而导致尿道黏膜损伤。

除此之外，还需要考虑尿道内存在结石，结石也会损伤尿道粘膜。除此之外，还需要考虑一些医源性的因素，比如插导尿管时过于暴力损伤，尿道粘膜或者是做膀胱镜操作时，也可能会损伤尿道的粘膜。损伤尿道黏膜，如果程度不是很严重，积极的抗炎治疗，多喝水，勤排尿，一般很快就可以修复。如果不及时处理，有可能会导致局部疤痕形成，导致尿道出现狭窄。