细菌性肝脓肿的主要危险因素包括糖尿病、肝硬化、性别、年龄和长期服用质子泵抑制剂等。糖尿病是最主要的危险因素，肝硬化的患者由于免疫功能低下，患病的风险是明显增加的。研究表明，其发病率是普通人群的15.4倍。

同时如果是服用了一些免疫抑制剂，这样的药物也是可以参照肝硬化，造成的免疫低下来考虑的。此外大多数的病例都处于高龄，而且男性也比女性更容易患病，有研究显示，服用质子泵抑制剂可以增加胃的PH值，从而降低胃对细菌的防御能力，导致了肝脓肿的发生几率是明显增加了。