新生儿甲减，最早在孩子出生以前就可能会出现症状，会有过期产，孕期超过42周、孕期胎动减少等表现，而出生的时候，宝宝往往体重较重，身长与头围正常，前后囟门偏大，经常可以见到脐疝的出现。

出生后胎粪排出延迟，常有腹胀、便秘、多睡、少动、黄疸消退延迟、喂养困难、四肢凉、体温低、呼吸困难。

有的孩子还会发现有特殊面容的存在，包括鼻梁低平、眼距宽、舌头大、颜面部粘液性水肿，但这些症状并不是每个新生儿期的甲低患儿，都会有出现，有的有其中几种，有的在新生儿期没有发现特殊的异常，到婴儿期才会发现。