大便酸馊味的发生主要是由于消化不良、肠道菌群的失衡或者是肠道有炎症的因素所导致的，当人体存在有消化不良现象的时候，肠道中的食物残渣就会伴随着大量未消化的食物，这类食物会在肠道中进行不良的发酵，因此就有可能会产生一种酸臭的味道。

肠道中存在的有益菌和有害菌，正常情况下，肠道的菌群是会达到一个平衡状态的，这样不仅可以让肠道更好的吸收食物中的营养，同时也能够帮助肠道的蠕动，减少便秘的现象。有些患者可能因为种种原因，出现肠道菌群的失调，这样肠道中的不良细菌就会和食物的残渣发生一些反应，也会产生一些酸腐的臭味，部分的人还会因为肠道菌群的失衡，导致便秘现象的出现，当然也有可能有些患者是表现为腹泻的临床表现。

在正常情况下，肠道黏膜会分泌出一些碱性的物质，但是在一些肠炎的发作期间，肠道的分泌功能肯定会受到一些影响，这样就会导致这些碱性物质的分泌就会减少，粪便与肠道分泌出来的碱性物质，发生反应的时间就会比较短，所以也有可能导致粪便出现酸臭的味道。