腰椎结核的自然病程是一个动态的过程，同时也是有一定的自限性的，没有一个明显的界限来区分早期和晚期。在疾病的早期阶段，病变往往局限于椎体和椎旁的软组织，骨质破坏程度较轻，没有脓肿或者脓肿很小，仅仅局限于椎体或者椎旁，大多数没有脊髓压迫、截瘫等合并症，这个时候往往采取一些非手术的治疗方式，比如联合用药，都可以获得良好的治愈。

但是随着病情的进展，病变向四周逐渐的蔓延，椎体的骨质进一步破坏，脊柱的稳定性遭到破坏，导致椎体塌陷、后凸畸形的产生，脓肿也会同时逐渐的增大，向周围的组织以及远处的器官进行流注，甚至导致神经受到压迫，形成截瘫的发生，这个时候往往需要通过手术干预。如果不加以干预，病变又会逐渐的趋于稳定，窦道会常年的流脓，或者有时会有愈合的倾向，但是会残留明显的后遗症，比如脊柱的侧凸、后凸的畸形以及截瘫。