扁平疣作为一种病毒感染性疾病，总的说来并不好治，但是我们也可以通过几种途径来进行治疗。

首先是局部治疗，我们可以用一些比如说干扰素等，来提高局部的抵抗力，对抗病毒。

其次，我们可以用一些系统治疗，比如口服或者注射一些提高抵抗能力的药物，来提高我们机体整个的免疫力，来对抗病毒。

再者就是对于稳定期的扁平疣，我们还可以采取一些高级激光，比如调Q的脉冲激光来进行治疗，甚至光动力治疗也是可以采取的。

而对于二氧化碳激光和冷冻等治疗，由于可能会造成瘢痕等损害，一般是不赞成的。因为扁平疣虽然很难治，但是一旦机体抵抗能力好后，皮损会消退的干干净净，如果由于治疗产生了疤痕，后期就会更加麻烦。