扁平疣是一种病毒感染性疾病，需要通过抗病毒的方法进行治疗，但是目前我们对于病毒并没有特别有效的治疗药物，主要是通过注射药物，提高自身的免疫力来对抗病毒。

另外扁平疣也是属于一种表皮增生性的疾病，可以用一些抗角化的药物，如维甲酸类药物进行治疗。另外对于稳定期的扁平疣，还可以用一些高级激光，比如调Q的脉冲激光来治疗。而对于连续二氧化碳激光和冷冻等治疗，由于可能会造成瘢痕等损害，一般是不赞成的。

因为扁平疣虽然难治，但一旦机体抵抗能力好以后，皮损是会消退得干干净净的，而如果由于治疗留下了瘢痕就不划算了。