一般来说，手足口病的隔离期是两周，也就是从手足口病出现症状开始两周左右的时间。一般手足口病的症状能够维持将近一周左右，在这一周的时间内，手足口病的传染性最高，因为此时的症状包括发热、咽峡部皮疹，以及手、足、臀部甚至躯干部皮肤的皮疹，这些皮疹如果有疱疹，疱疹液中含有手足口病的病原体，可能通过直接接触，导致手足口病传播。呼吸道中也含有手足口病的病原体，通过呼吸道飞沫也可以导致手足口病传播。

当这些症状完全消失后，也就是手足口病的病程在7天之后，其传染性就会大大降低，但是为了防止在这一段时间仍然有传染性，需要把这个传染期延长为患手足口病后的两周，这样能够大大降低手足口病导致传染的可能。