脑干梗死发生是否能恢复以及恢复到怎样的程度，与脑干发生梗死的面积大小有关系。如果脑干梗死面积小，患者的临床表现轻，可能没有严重的临床症状，经过治疗病情稳定后，经过一定的康复训练，促进神经功能恢复，对于症状轻的患者是可以恢复的。

如果梗死的面积相对较大，神经功能严重受损，而导致了严重的偏瘫、脑神经核损伤，还可能影响生命中枢而导致病情危重，可能出现呼吸衰竭。所以脑干梗死一旦出现，如果符合溶栓指征的应该及时溶栓，溶栓治疗后大约30%左右的患者是可以良好恢复的。

对于脑干梗死已经形成偏瘫、或吞咽困难等颅神经损伤的患者，在度过危险期后，病情稳定后，经过正规的康复训练，一部分患者的症状也可以不同程度的恢复。