脑干梗死的严重程度和梗死面积大小有关，如果梗死面积小，患者的临床表现轻，可能并没有严重的临床症状，经过治疗后病情稳定，考虑康复训练促进神经功能恢复。

如果梗死面积相对较大，神经功能严重受损，可能导致偏瘫、脑神经核损伤，还可能影响生命中枢而导致病情危重，可能出现呼吸衰竭。 梗死后5天左右脑水肿的高峰期会进一步加重病情，重则会影响生命，所以脑干梗死一旦出现，如果符合溶栓指征的应该及时溶栓，同时注意控制好血压，控制好肺部感染，监测好心脏功能，避免病情突然恶化，而得不到及时的救治。