脑干梗死急性期的一般治疗，治疗原则为尽早的改善脑缺血区的血液循环，恢复血供促进神经功能恢复。对于小范围的脑干梗死未达到溶栓指征的，常给予抗血小板聚集、抗动脉粥样硬化、神经营养等治疗。达到溶栓指征的应该给予溶栓治疗，超早期溶栓治疗可能恢复梗死区血流灌注，减轻神经元的损伤。

常用的溶栓药有尿激酶、阿替普酶等，当静脉溶栓不合适的时候，可以酌情进行动脉溶栓治疗，可作为脑干梗死的一种紧急治疗，可以在DSA的直视下进行的选择介入动脉溶栓。尿激酶动脉溶栓合用小剂量肝素静脉滴注，可能对出现症状3～6/h的大脑中动脉分布区的卒中患者是有益的。同时应该控制好血压、血糖、注意肺部感染、颅内高压、康复训练、营养饮食等方面。