通常脑干梗死的发生是有危险因素的，常见的危险因素包括长期的抽烟、大量长期的饮酒、糖尿病血糖控制长期不合理，以及随着年龄的增长同时伴有高血压、冠心病等均会导致和加重患者脑动脉硬化的程度。

脑动脉逐渐形成斑块血管狭窄，同时患者在高血压、糖尿病等危险因素的不良作用下，随着动脉硬化的不断加重，达到一定的程度会动脉狭窄，管腔内逐渐形成血栓斑块。

通常通过合理的治疗，如果是稳定斑块，常常不引起脑梗死，如果是不稳定斑块会最终因斑块突然脱落，阻塞后循环动脉的主干会造成大面积的脑干梗死，斑块阻塞了后循环穿支动脉，则会导致小面积的脑干梗死。