克罗恩病的病因不明，可能与感染细菌、病毒、支原体有关，另与饮食、吸烟、免疫遗传性疾病和肠上皮屏障有关。1901-1931年有人证实克罗恩病是一种肉芽肿性病变，故称肉芽肿性结肠炎。1932年美国医生克罗恩首先从肠结核里区别出来一种原因不明的结肠疾病，故又称克罗恩病。1973年被世界卫生组织医学科学国际组织委员会正式命名为克罗恩病。最初描述的回肠末端炎，然后慢慢地发展，可侵及消化道的任何部位，从口到肛门，都可以侵犯。但以末端回肠和右半结肠多见，结肠末端和直肠少见。本病欧美多见，发病率为0.8~9/10万人，白种人较为多见。克罗恩病在中国的发病率也在逐年上升。