病毒性脑炎本身对患者的脑部会产生一定的伤害，同时还会有各种复杂的后遗症和并发症，主要表现就是失语、语言迟钝、瘫痪、吞咽困难、视神经萎缩、耳聋、癫痫等神经系统的损害。

另外还有痴呆、记忆力及理解减退、智力低下、表情淡漠、眼神呆滞、哭笑无常、攻击性行为、容易激惹、兴奋多动等精神状态及认知功能异常，以及多汗、流涎等自主神经功能失调。