病毒性脑炎通常急性起病，它是会出现剧烈的头痛、发热、呕吐、颈项强直、典型的脑膜刺激征，比如说Kernig征的阳性，并且伴有全身的不适、咽痛、畏光、眩晕、精神萎靡、感觉异常、肌痛、腹痛和寒战等等。部分患者可以出现咽峡炎、视力模糊等症状。肠道病毒感染可以出现皮疹，大多与发热同时出现，持续4～10天。柯萨奇A5、9、16病毒，皮肤典型的损害是斑丘疹，皮疹可以局限在面部、躯干或者涉及到四肢，包括手掌还有足底部。柯萨奇B组的病毒感染可有流行性肌痛，还有心肌炎。临床神经系统损害症状比较少见，偶尔发现斜视、复视、感觉障碍、共济失调、腱反射的不对称，还有一个病理反射的阳性。严重的话患者可以出现昏睡等等这种神经系统损害的症状。