感染科建立于1987年，担负着全省儿童传染性疾病的医疗及防治任务。主要负责各种儿童感染性疾病的诊治，各种法定传染病、出疹性疾病、颅内感染如乙脑、流脑、结脑等、腹泻病、及发热原因待查等，乙脑、结脑等颅内感染性疾病的治疗，在降低其后遗症方面积累了经验。2005、2006年成功救治了两例人感染高致病性禽流感患儿，参与的课题项目《成功抢救人禽流感儿童患者的急诊救治模式》及《重症手足口病的早期识别及救治研究》分别获2006年湖南省科技进步二等奖、湖南医学科技奖特别奖及2008年湖南省科技进步三等奖。2008年来作为儿童手足口病定点收治主要科室，在手足口病的防治及降低手足口病的病死率方面积累了丰富的经验。