巧克力囊肿大部分都会引起痛经，对于巧克力囊肿引起痛经的严重程度，与巧克力囊肿的大小以及女性的痛经的阈值有很大的关系。因为巧克力囊肿是因为异位的子宫内膜在卵巢囊肿里面，当月经来潮的时候，卵巢里面的巧克力囊肿也会出现脱落发生出血，从而会出现痛经的现象。

如果卵巢的巧克力囊肿比较小，尤其是女性的痛经的阈值比较高，那么此时巧克力囊肿痛经的症状就会比较轻，如果巧克力囊肿比较大，那么在月经来潮的时候，因为出血会比较多，因此痛经的情况也会更严重。