巧克力囊肿有可能会引起腰疼。因为巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢上，周期性出血而形成的，有些比较大的巧克力囊肿，会引起盆腔的压迫症状，会引起腰骶部的胀痛，还有些巧克力囊肿，因为会导致盆腔的重度粘连，会压迫输尿管，导致输尿管积水，从而引起腰疼的症状。

但是，除了巧克力囊肿会引起腰疼之外，还有其他很多原因也会引起腰疼，包括腰肌劳损、腰椎间盘突出，都有可能引起腰部疼痛。所以如果出现腰部疼痛，除了要考虑是因为巧克力囊肿之外，还要考虑其他的一些原因，要进行一些相关的检查，明确引起腰痛的原因，再进行针对性的治疗。