巧克力囊肿微创一般不会留下明显的瘢痕。因为巧克力囊肿，如果做微创手术的话，也就是进行腹腔镜手术。一般只是在腹壁进行几个比较小的穿刺口，一般大的也就是一公分，小的只有0.5公分，这样往往不会留下明显的疤痕，而且恢复起来也很快。创伤小、恢复快是腹腔镜的最大优点，巧克力囊肿比较适合进行微创手术。

巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢上而形成的，也就是子宫内膜卵巢异位囊肿，会导致月经不规律，也有些会影响排卵，影响生育，而且巧克力囊肿手术后有可能会引起复发，所以手术后虽然不会留下明显的瘢痕，但是存在复发的可能，需要进行一些干预，预防巧克力囊肿的复发。