巧克力囊肿切除后，首先一定要注意休息，要加强营养，要预防感染，预防盆腔粘连，同时不要过早进行性生活，一般主张至少一个月之后才能同房。

巧克力囊肿切除后还一定要注意预防复发，因为巧克力囊肿，即使进行手术切除术后复发率还是比较高的，巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢上而形成的，也叫做子宫内膜卵巢异位囊肿，所以很容易复发，一般在巧克力囊肿切除术后可以进行GRHN的注射，每28天一针，这样可以有效的预防巧克力囊肿切除后复发，同时还要定期复查彩超，检查巧克力囊肿复发的情况。