首先，病因方面，川崎病是由于病毒感染等因素导致的血管炎，而手足口病是由于肠道病毒感染引起的传染性疾病。

其次，临床表现方面，川崎病表现为发热、皮疹、颈部淋巴结肿大、球结膜充血、口唇皲裂、杨梅舌、手足硬肿，恢复期指趾端以及肛周出现脱皮现象。而手足口病表现为发热，手、足、口腔、臀部等部位出现皮疹，皮疹表现为小疱疹，周围有红晕。

最后，在治疗方面，川崎病的治疗是以抗炎治疗为主，而手足口病是以抗病毒以及对症治疗为主。