脐疝与脐窦主要的区别是在于脐疝主要是由于肚脐局部组织比较薄弱，患者腹腔压力增高时容易导致肠内容物通过薄弱的脐环凸出肉体表。

而脐窦一般是指新生儿出生以后，肚脐周围的一些结痂脱落之后形成的一些渗出，有时容易造成感染，这种情况并不是由于肚脐薄弱引起的，可能与患者断脐带以后局部的一些感染有密切关系。

因此两者发病的机理是不同的，一般脐疝是需要进行手术治疗的，而脐窦一般控制感染就能够达到彻底的治愈，不会有太大的危害。