小儿手足口病合并脑炎，大部分表现为持续高热，出现中枢神经系统损害的症状，比如精神萎靡、嗜睡或激惹、易惊跳、头痛、恶心、呕吐、食欲不正、惊觉甚至昏迷，部分孩子可能出现肢体的抖动、眼球震颤、共济失调、肌无力或者迟缓性瘫痪，部分孩子可能表现为呼吸增快、心率增快、四肢发凉、出冷汗等不适的症状。