肝内胆管结石患者常常会合并有急性胆管炎，患者会表现为右上腹疼痛明显，所以此时有可能会出现恶心、呕吐、畏寒、高热、黄疸等临床症状，所以此时它的治疗应该使用抗生素抗感染治疗，炎症得到控制后，病情可以缓解。

也可以使用一些护胃的药物达到对症处理，可以更好的缓解症状。但是对于有症状的肝内胆管结石的患者，它的治疗主要是通过手术才能达到根治，保守治疗也只能够缓解症状，手术的方式主要为腹腔镜下胆管切开取石术，通过取出石头后可以达到根治。