苯丙酮尿症的二次复查化验有：尿三氯化铁试验、血浆氨基酸分析、尿液的有机酸分析、尿液的喋呤分析、肝细胞酶的活性测定、DNA分析。其他的检查有：脑电图检查、X线检查。

苯丙酮尿症一旦明确诊断，应尽早的给予积极的治疗，主要是饮食治疗，开始治疗的年龄越小，治疗效果也越好。