肛周脓肿引流三个月后容易形成肛瘘，而肛瘘会导致患者出现反复的肛旁肿痛以及流脓血水，严重的可能伴有恶臭味。而这个时候患者主要是根据其临床症状以及医生的肛门指检，再配合肛周核磁共振的检查报告，来确定肛瘘的部位以及内口的位置，然后再进行手术。

因为肛周脓肿引流后，如果引流比较通畅，可能后期并没有出现肛瘘的情况，没有这些症状，这种情况下可以暂时先观察。但是如果出现上述症状，而且通过肛周核磁共振的检查，明显的发现了内口以及瘘管的走向，这种情况下则建议尽早的采取肛瘘切除术处理。