肾盂肾炎反复发烧的原因是多方面的，比如患者始终存在有肾结石、肾积水、输尿管结石等等，这些潜在的感染灶就是导致患者反复发烧的原因。另外就是患者在抗感染治疗过程中，由于抗生素选择并不敏感，剂量不足或者治疗时间并不够，这些都是导致肾盂肾炎反复发烧的原因。

所以为了充分的控制感染，建议患者进行相应的手术治疗。除此以外在抗生素的选择方面，一定要针对中段尿细菌培养，根据药物敏感试验选择抗生素，抗感染治疗的时间要大于14天，只有这样患者才能够彻底痊愈。