肾盂肾炎二次发作的原因有很多，其中最常见的原因就是在第一次发作的时候选择的抗生素可能不合理，尿液中抗生素的浓度不达标，不能够有效地达到抗生素的剂量，再就是抗生素治疗的时间偏短，也就是没有达到14天，有些肾盂肾炎二次发作的原因是与机体免疫功能紊乱有关系，比如长期糖尿病、肿瘤、使用免疫抑制剂的患者，特别容易出现二次发作。再有就是肾盂肾炎的患者，泌尿道存在有结构异常，比如有肾积水、输尿管狭窄、肾结石等等，这都是导致二次发作的重要原因。