肾盂肾炎二次发作以后该怎么办，首先需要明确第二次发作时是属于重新感染还是复发，如果第二次发作时，尿中的细菌与第一次发作时细菌不同，那么就考虑是重新感染，在选择抗生素治疗的时候，一定要根据药敏试验进行，治疗时间是14天；如果第二次发作时细菌与第一次发作时的细菌是相同的，就考虑是复发，这个时候一定要选择强效而且敏感的抗生素，治疗的时间至少是六周，这样才能够不至于复发，所以肾盂肾炎二次发作时一定要积极治疗。