肛瘘一旦形成，自愈的机会极少，瘘管复杂化后带来许多麻烦和一定的危害性，长期流脓水，导致污染内裤，肛门潮湿且局部皮肤受到刺激，会出现皮肤瘙痒，长期不做正确的治疗会使身体瘦弱消瘦、精神不振、抗病能力减弱、出现贫血。由于多次反复发作，脓液可穿破管壁顺着括约肌间隙蔓延而形成多发性、复杂性的肛瘘，不但给治疗带来困难，而且也影响到肛门的正常生理功能。肛瘘的多发性可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘、直肠膀胱瘘，危及周围的脏器，长期慢性炎症刺激，久而久之肛瘘有恶变的倾向。