肛瘘自然愈合的几乎很少，手术是唯一的治疗方法，手术后才能痊愈。其原因有以下几点：

肛瘘除了在肛周皮肤上有一个溃孔外，在肛隐窝还有一个原发性的感染性内口，两个口互通，细菌和肠内容物可以去通过内口进入管腔内，引发反复感染。由于炎症经常刺激，故脓水不能从外口流出。瘘口跟括约肌之间有很多复杂的关系，所以括约肌经常不断的收缩跟舒张，压迫管道容易使脓液残留导致感染，所以肛瘘必须要通过手术才能根治。