子宫内膜异位症的原因，目前了解得不是很清楚，但子宫内膜种植学说被多数的专家和学者所认同，主要发生的原因就是经期时，子宫内膜腺上皮和间质细胞可随经血逆流，经输卵管进入盆腔，种植于卵巢和临近的盆腔腹膜，并在该处生长蔓延，形成了盆腔内膜异位症，多数的临床和实验资料也证实了这一学说，就是大概有70%-90%的妇女会出现经血逆流。

还有就是先天性的阴道闭锁，这种情况也会发生子宫内膜异位症，还有就是医源性的内膜种植，如剖宫产后的腹壁疤痕，或分娩后会阴切口出现的内异症，这些都可能会造成内异症的原因。