卵巢的巧克力囊肿，因为到目前为止，医学上还没有一个针对这个病因的治疗方法，所以在治疗之后常常会发生复发的现象，另外，卵巢的巧克力囊肿其实指的是子宫内膜异位到卵巢上引起了囊肿，导致女性出现一系列的症状，同时还可以移位到身体的其他脏器，所以不管采用药物治疗还是手术治疗，常常在治疗卵巢巧克力囊肿的同时，把其他部位的一些很细小的病灶遗留下来，这也造成了手术或者是治疗之后的复发，

所以一般来说，对于卵巢的巧克力囊肿治疗的目的主要是缓解女性的症状，尽量的缩减病灶，其次就是恢复女性的生育功能，但是并不能完全的治愈它。