结核性的脑膜炎，需与其他病原体所致的脑膜炎鉴别。比如说病毒性的脑膜炎、化脓性脑膜炎、真菌性脑膜炎等等，尤其需要与隐球菌性脑膜炎鉴别。这两者的临床过程和脑积液的改变极为相似，应尽量寻找结核杆菌，和新型隐球菌感染的实验室证据。

另外还需要与癌性脑膜病相鉴别，癌性脑膜病是身体其他脏器的恶性肿瘤，转移到脑膜所致。通过全面检查，可发现颅外的癌性病灶。极少数的患者合并有脑结核瘤，表现为连续数周或数月逐渐加重的头痛，伴有痫性发作及急性局灶性脑损伤。增强CT和MRI显示，大脑半球等部位的单发病灶，脑脊液检查通常多为正常。