引起肛瘘的原因主要有以下几种：一、直肠肛管周围脓肿，是形成肛瘘的最主要原因，95%以上的肛瘘皆由此引起。二、直肠肛门损伤，由外伤、吞咽骨头、金属等损伤肛管直肠，细菌侵入伤口引起。三、肛裂，肛裂反复感染可并发皮下瘘。四、会阴部手术，内痔注射误入基层或手术后感染引起。五、结核，结核病并发结核性肛瘘者甚多。六、溃疡性结肠炎，溃疡性结肠炎并发肛瘘。七、克罗恩病，克罗恩病并发肛瘘。