要预防巧克力囊肿手术后复发，一般是通过使用药物来达到闭经的效果，也就是假孕疗法。因为通过药物使月经不来潮，那么巧克力囊肿的子宫内膜就不会出血，所以就不会导致巧克力囊肿的复发。

巧克力囊肿是由于有活力的子宫内膜异位到卵巢上，周期性出血而形成的，如果不来月经，那么巧克力囊肿就不会出血，所以也就不会复发。

一般巧克力囊肿手术后会通过药物来达到闭经的现象，一般至少连续使用三到六个月，这样可以有效的预防巧克力囊肿手术后复发，另外也可以在术后短期内怀孕，这样也能够起到预防复发的效果。