巧克力囊肿是因为子宫内膜异位到卵巢上而形成的，跟经血逆流以及子宫内膜种植有一定的关系，也就是说，如果经血逆流使子宫内膜异位到卵巢上，就容易得巧克力囊肿。还有在经期进行一些妇科手术操作，也容易将有活力的子宫内膜逆行到卵巢上而形成巧克力囊肿。

巧克力囊肿会导致月经异常，会引起下腹部疼痛，会影响排卵，会导致不孕不育。所以要预防巧克力囊肿，一定要注意月经期的卫生保健，不要在经期同房，不要在经期剧烈运动。

一些手术操作以及妇科其他的一些检查，尽量在月经干净三到七天之内进行，因为这个时候的子宫内膜相对比较薄，不容易造成内膜的种植，不容易导致巧克力囊肿的发生。