男性生殖器上长水泡，最常见的原因是生殖器疱疹，生殖器疱疹属于性传播疾病，一般在出现症状之前，有过不洁的性接触。水泡一般是发生在龟头表面，包皮上，水泡比较小，呈簇状生长，溃破后会形成浅表的溃疡，局部伴有瘙痒，疼痛感。

另外一种原因需要考虑是包皮龟头炎症，包皮受到了细菌，病毒感染之后，也可能会出现水泡。

另外，也不排除是由于穿着内裤过紧，导致生殖器受到摩擦而引起的。

出现水泡之后，应该引起重视，及时去医院泌尿外科或者是皮肤性病科进行检查。