生殖器疱疹病毒的治疗需要使用抗病毒药物控制感染，常见的药物有阿昔洛伟，这种药物具有口服制剂，又有外用药，可以两者联合使用。由于阿昔洛韦的口服制剂药效相对较短，所以服药的频率会比较高，一般24小时要服用五次以上。

还可以配合使用外用药物外涂，这样有利于病情的恢复。由于生殖器疱疹处容易破裂，从而继发引起感染，当生殖器疱疹破裂之后，还可以使用红霉素软膏外涂预防感染。

（药物的使用需在医师指导下进行）