尿道口下裂是一个多因素的疾病，原因还不是很清楚，包括下面几个原因：

第一个，是内分泌因素，部分病例雄激素受体和5α-还原酶缺乏。

第二个，环境因素，有研究发现，在妊娠早期用过黄体酮保胎的新生儿中，尿道下裂的发生率比较高，同时有研究表明，尿道下裂患儿的雌二醇和雌酮的水平增加，这些研究都提示雌性激素有拮抗雄激素的作用。

第三个，染色体异常，在尿道下裂患者中的染色体畸变率，较正常人群有明显的增高，其中有常染色体的畸变和性染色体的畸变。

第四个，基因突变，我们发现尿道下裂患者可能存在雄激素受体、性别决定基因、5α-还原酶基因、抗苗勒氏管基因等等这些基因的一些突变，所以说它是一个综合因素引起的。