埃博拉病毒感染人后的潜伏期为2~21天，大多数患者在感染8~9天后病情危重，一旦被感染，患者可以在1~2天内即出现症状。埃博拉出血热的早期症状和普通感冒相似，患者起病急，发热，并快速发展至高热，并伴有疲劳、肌肉疼痛、头痛和咽喉疼痛等非特异性的症状，随后可以出现呕吐、腹泻、皮疹、肝肾功能损害等表现。

病程3~4天后进入极期，患者可迅速出现高热、乏力、头痛、上腹痛，甚至是弥漫性的腹痛、恶心、呕吐、腹泻等，部分患者可以出现牙龈出血、鼻子出血，注射或静脉穿刺部位的出血，呕血、便血、血尿等多部位的出血表现。重症患者可以在24~48小时内发生凝血功能的障碍与血小板减少症，从而导致鼻腔和口腔出血，伴随皮肤出血性的水疱，在3~5天内出现肾功能衰竭，并导致多器官功能衰竭和弥漫性血管内凝血。

埃博拉病毒感染多数患者预后极差，尤其是重症患者，通常在病程两周内死亡，具有50%~90%的死亡率，致死的主要原因是中风、心肌梗塞、低血容量性休克或者是多器官功能衰竭。