扁平疣的物理治疗就包括了液氮冷冻和激光治疗，液氮冷冻治疗是通过低温的作用，冻结组织内的水分，使局部细胞脱水死亡。冷冻治疗的优点是方法便捷，而且成本低廉。但是冷冻对于面积和深度的把控不够精准，容易使创面变大或遗留色素沉着，不适合颜面部这些美容要求较高的部位。

另外冷冻后形成的水疱，疱液中可残存HPV病毒，流出后可造成局部接种传播。 而激光治疗是通过定向光热分解作用，破坏汽化疣体，直接杀灭部分病毒，对周围正常组织损伤较小，同时能激活机体的局部免疫功能，进一步杀灭残余病毒，适合皮损数量不多，稳定期的皮损。