子宫内膜异位症典型的症状是痛经，但是有很多有巧囊，但是不痛经也是可能的。

有一些子宫内膜异位症异位到卵巢上，引起巧克力囊肿，可能并没有明显的痛经。有的病人如果在月经期或者来潮前几天，卵巢明显的出血、增大，引起巧囊的破裂，可能会有特别明显的急腹症，会突发的下腹痛。

有一些子宫内膜异位症异位到了子宫内，造成了子宫肌层的子宫内膜异位症，称之为子宫腺肌症，这种情况痛经的症状可能会特别明显，而且是进行性加重，可能平常需要吃大量的止疼药，才会觉得痛经的症状有所缓解。